刺客教條3的戴斯蒙·邁爾斯犧牲了自己的一切，把地球從死亡深淵中拉出來時，他也釋放了一個今後會對人類造成嚴重危機的先行者。戴斯蒙代替全世界做出了一個選擇，他通過Animus，看透了人類歷史的殘酷和血腥。如今他命隕神廟，平衡也被打破。於是，刺客教條黑旗拉開帷幕。用先祖的基因剥去往昔尘埃，刺客教條黑旗時空背景回到1715年的加勒比海，以刺客教條3主角康納肯威的祖父愛德華肯威為主角，重現海盜的黃金年代，華德華成為刺客聯盟一員對抗聖殿騎士。
序列一.記憶01.愛德華·肯威
1715年6月 比尤納維斯塔角
漫天烏云密布豪雨傾盆，一艘海盜船受到海軍的圍攻，而我們的主人翁愛德華·肯威只是這艘海盜船上的一名水手，海軍猛烈攻擊之下，愛德華正打算炮發炮還擊，可是大砲瞬間被摧毀了。愛德華頓然呆滯了，而此時，在海軍的船隻上出現了一名刺客的身影。未當愛德華緩過神來，海盜船長命令愛德華走到船舵前負責駕駛著海盜船。
遊戲一開始莫名其妙就在船上了，這次的黑旗呢，操作方面比起AC3，在本身就已經大改版的情況下再一次進行了改版。如圖所示，WSAD移動， 鼠標轉動視角之類的就不說了，跟之前不同，疾奔並非右鍵了，而是主流的shift！而直接點空格也可以進行跳躍，其他的疾奔和3沒什麼太大的差別，E是反擊，反擊之後鼠標左鍵、E和空格分別是3種後續，而本來是跑步和格擋的右鍵則變成了槍的瞄準鍵。
往海盜船的船舵走去，在船舵前，握住船舵，你可以增加帆的數量，中速為半帆；最高速為滿帆，加速航行。第一個任務目標只是跑路，跑到船舵面前點E開船，可以增加帆的數量，中速為半帆、最高速為滿帆，加速航行或者減少帆的數量，減速航行。海戰這裡不僅要控制開砲，還要控制船身，開砲的話，你瞄準兩側和後面是不同的，一個是砲彈，另一個是火桶。
此時需要擊沉敵方的兩艘小艇和一艘主艦。以這艘海盜船的架勢是只能撞擊小艇，因此，便統一以船隻的兩側砲台對它們進行射擊。建議衝到兩小艇和主艦之間，將它們分割開來（兩側），然後使用調整角度，瞄準，當白色半透明的拋物線落在敵船上，發射砲彈。
消滅了所有敵船，海盜船長並沒有表彰愛德華，而是繼續當他奴隸似地命其撲滅船上的明火。就在此時，那刺客的身影“飄”到了海盜船長的身後，並將海盜船長給刺死，正當這把利刃刺向毫無防備的愛德華之際，船上的明火引燃了海盜船上的火藥產生了爆炸，愛德華被彈飛入海中。在短暫昏迷時，愛德華回憶起在家中與凱洛琳的對話，凱洛琳希望愛德華能夠重回正道、遠離海盜這種三教九流的行當，就基於這番勸導，愛德華擺脫了暈厥。
清醒後，游向北面的海灘上，可以快速游泳。此時無法登上任何一件飄浮物件，所以便避開它們前進。
經歷了這場驚心動魄的海戰後，愛德華躺在晴空下的沙灘，此時那名受了傷的海軍刺客亦蹣跚上岸。這名叫作鄧肯·沃波爾的刺客打算僱傭愛德華帶他前往哈瓦那，而愛德華深知此人已經身無分文，但愛德華看上他的手槍，得知如此，刺客鄧肯卻發現火藥槍啞火了，只好馬上逃離。
朝鄧肯逃跑的方向追去，他很快消失了踪影，不必擔心，走上斜坡後會發現幾處草棚民宅，通過兩層白色的樹枝架去到山頂，會發現有一個鳥瞰點，同樣是白色樹枝架起的塔。爬上去以後俯瞰四周，然後使用信仰之躍，落到地面的草堆中。
此時發現了刺客鄧肯的踪影，同樣朝他所逃離的方向追去，就在一面懸崖上會有白色樹枝所架起的梯子，順著梯子爬上懸崖頂又會見到鄧肯從第二個鳥瞰點前經過。爬上草棚民宅，從而登上第二座鳥瞰點，俯視四周後，跳入水中，然後登上左側的岸邊便能見到鄧肯，但這次鄧肯賞了愛德華一顆子彈。
擊傷愛德華後，鄧肯繼續逃跑，能夠輕易地爬到樹上、倒臥的樹幹較快捷穿梭並追近鄧肯。直到兩人追逐至一片冒煙的土地上，鄧肯決定拔刀迎戰。直接衝上去殺了身負重傷的鄧肯，如果不能秒殺，可作出防守反擊動作。
擊殺了這場海戰的另一名倖存者後，愛德華翻動了鄧肯的包裹，發現當中帶有一個奇異半透明的立方體和一封來自勞雷亞諾·托勒斯總督的邀請信。信中提及到鄧肯手握托勒斯總督一樣很重要的物件，但他們的人並沒有見過鄧肯，因此只要愛德華穿上鄧肯的刺客服便能夠獲得獎賞。
穿上刺客服之後，東面的海灣便傳來了哀求聲，爬上懸崖邊上的一顆樹，左側的樹枝是一個鳥瞰點，俯視過後跳入下方的水潭中。然後繼續往東北面的下階懸崖跑去，發現一幫商人被誤認為海盜被西班牙軍給扣留了。
直接無視士兵，直接從樹枝上使用信仰之躍跳到下方的草叢裡。
躲在草叢中，可以吹口哨吸引附近的士兵，然後暗殺，再衝到海灣南側的草叢內，以同樣的方法暗殺掉兩名士兵。
此時在海灣東北側有三名士兵看守著一名英國的胖子商人，其中兩人背對著愛德華所在的西南面。馬上沖往兩名背對愛德華的士兵之間，使用雙刀捅死兩人，繼續一鼓作氣砍往最後一名面向愛德華的士兵，只要夠快，對方無法防守。
救出了這名叫作邦尼特的商人後，愛德華耍起了無賴，說自己便是那個準備要參見哈瓦那都督的秘密使節，便要求與邦尼特同行，前往哈瓦尼。
就在海灣沙灘的棕櫚樹邊上有一副骸骨，可以搜刮它，並獲取一幅寶藏圖。從屍體上尋找到的寶藏圖，它們可以引領愛德華前往某個島上的特定位置，在那挖掘，愛德華便可以搜刮金錢並獲得升級戰船的設計圖。
以游泳的方式，前往邦尼特的商船。當邦尼特就位後，愛德華可以靠近船舵，然後掌舵，增加帆數。留意左下方的小地圖將船隻駛往南面的出海口。
2013年11月 回到現在
時間回到了現代，“你”剛從Animus中清醒過來，在“你”面前的女性正是17號測試的負責人梅拉妮·樂梅。按照她的指示先是抬頭看上方的光管，至其熄滅後再看下方的光管，同樣要等到其熄滅。
因為“你”在測試中100%與愛德華·肯威的記憶同步，因此受到了Abstergo公司的僱傭。樂梅說，現在Abstergo已經正式更名為“Abstergo 娛樂有限公司”，就是提供人們修改記憶、體驗記憶的服務。而他們正在打算籌備製作一個以“加勒比海盜”的記憶主題，而“你”就是關鍵人物。
跟隨著樂梅走出Abstergo的測試間，並走往大堂諮詢台前。樂梅會提給“你”一個平板電腦，按A鍵可以調出平板電腦，在上面會有定位系統、互動系統和通行證。然後兩人一同走向前方的電梯，當樂梅告知“你”要前往2層的17號樣本工作區後，讓平板電腦對準電梯綠色光亮的燈，選擇前往二樓。走出電梯後，“你”會遇到這工作室的創意總監奧利佛·加奈爾，以及IT達人約翰
坐到“你”的辦公桌前，將平板電腦對準眼前的大屏幕，進入Animus。
