序列三.記憶01.畢業
1791年1月4日 巴黎
1.借助掩體刺殺3名敵人
2.跟上皮爾·貝雷克
重新回复意識之後，“你”再次與主教在視像通訊上取得聯繫，主角又一次見到了主教。主教是隸屬於現實世界刺客組織的成員。她告訴主角刺客組織從Abstergo獲得了一個多媒體檔案，裡麵包含了非常驚人的資料，並且告訴主角如果決定開始播放，就等於是自願加入刺客組織。成功加入刺客組織之後，會收看一條Abstergo的宣傳短片，內容同樣是在說現今已經可以雙螺旋結構讀取先祖記憶的技術，但這次會提及到一名富含先行者DNA樣本的捐贈者，也就是現今的聖者，這就是Abstergo準備實行的鳳凰計劃。
一旦聖者的記憶完全被Abstergo公司破解，那麼他們就會達到他們的最終目標，而刺客組織目前的行動就是阻止Abstergo尋找更多聖者，而就在鳳凰計劃執行的同時，主教發現Abstergo還將目光放在了亞諾的身上。
因為刺客組織對這場法國大革命產生了疑惑，在亞諾·多里安的人生的某個時間點中與另一位聖者有過接觸，而“你”遺傳了亞諾的記憶，所以刺客組織才會希望你能夠加入，主角的目的就是找出亞諾與這位聖者會面的時間和地點，幫助他們找到法國大革命的那名聖者，而且亞諾也並不是孤軍奮戰，另外的新人也可以通過Animus裝置到達同一時代，協助亞諾一同作戰，不過這是多人模式的內容了。
刺客組織對這場法國大革命產生了疑惑，大概原因就是亞諾也曾與那個時期的聖者有過接觸，而“你”遺傳了亞諾的記憶，所以刺客組織才會希望你能夠加入，幫助他們找到法國大革命的那名聖者，另外主教告訴“你”，你並不會孤軍奮戰，這場仗會有其他新人（刺客）協助你（也就是多人遊戲）。
時間又一次回到了1791年1月4日的巴黎，革命的吶喊依然在繼續。而此時的亞諾也成為了一名刺客，換上了一身刺客服漫步在充斥著抗議的巴黎廣場上。主教傳來的信息，她告訴“你”花越多時間在亞諾身上，他們就會需要處理“你”和亞諾之間越多的同步數據，這樣就可以啟用他的能力，另外主教也講述了多人遊戲和雜訊系統。
這時候也已經解放了各項升級的技能與道具，玩家還可以任意的改變自己的外觀，同時也可以自由的進行各項技能的訓練。經過將近一年的訓練之後，亞諾終於準備好成為一名成熟的刺客，他現在只要完成最後一項練習就可以出師了。
亞諾在屋頂上找到了皮爾·貝雷克，看起來他已經等了亞諾很久了。跟他交談就可以開始這一次的任務。
任務要求刺殺三名守衛後破壞警鐘，完成100%同步的條件是三名守衛都要從掩體中刺殺。掩體刺殺需要先按空格鍵隱藏在掩體後，等待守衛走近了再按左鍵暗殺掉，最快的辦法就是馬上使用信仰之躍跳落到大院的草堆車內。
然後翻出草堆車的南面，然後去到左側的木箱旁，此時有可能會讓左側騎樓旁的士兵看到，只是警覺，他走到箱子拐角位置就可以把他給暗殺掉。亞諾殺死第一名士兵後，另外一名在大砲前巡邏的士兵會發現自己的同僚倒下了，那麼他也會走過來打探，以同樣的辦法將其除掉。
最後一名士兵他會緊挨著帳篷旁的圍牆前，他一般要被驚動了才會有隨意走動。因此進入到騎樓下方，借助柱子繞到帳篷營地的北面，趁那名士兵往南面望去時，繞到緊挨著那士兵的木箱旁，貼著木箱（進入掩體）然後將士兵暗殺掉，那麼就能夠完成3次掩體暗殺條件。
最後就去摧毀營地當中的警鐘。另外附近的平民不用管，不會干擾任務的執行。
肅清場地之後兩名男子帶著他們的貼身隨從到達了，其中一名正是在一年前曾在德拉瑟爾閣下死亡現場逃離的希維特，也是殺害了亞諾父親和法蘭斯瓦的兇手聖殿騎士查理·加百列·希維特，而另一名則是激進分子艾賓隆，雙方似乎是針對一些金錢款項進行著討論，兩人談及了一名叫作紀曉姆·德羅素閣下同意了他們的開價，而且這位大人即將要到達巴黎，所以希維特千叮萬囑一名偏激分子頭兒要順利完成，雖然看結果艾賓隆並不是非常滿意。
當希維特離開以後，皮爾·貝雷克迅速的殺死了艾斌隆，他的隨從見狀只懂得尖叫救命，亞諾從暗中緩慢走出來將隨從從背後結束了他的生命。皮爾·貝雷克責備亞諾辦事總是慢悠悠。
「你下次應該在他發出聲音之前解決他」皮爾·貝雷克似乎對亞諾的表現不是很滿意。
「為什麼要讓希維特活著逍遙法外?他殺了德拉瑟爾閣下!」亞諾的回答非常激動。
「要有點耐性，希維特不是主要目標，時間還沒到。」
「來吧，議會正在等著我們對這次活動進行回報」皮爾·貝雷克說道。
隨後再光頭偏激分子的屍體上搜刮剛才希維特交給他的一份信函。
獲得信函後，馬上就會有偏激分子闖進庭院，可以使用煙霧彈隱藏自己的踪跡，跟隨皮爾·貝雷克爬上建築物，亞諾需要經常左右變向攀爬，這樣可以避開敵人的射擊，然後進入建築物中層的房間，穿過房間後落到北面的庭院出口前，向兄弟會的地下據點前進。
路上的敵人都可以用煙霧彈來甩掉，還可以按住F來選擇投擲出煙霧彈。在出口處丟煙霧彈到兩名守衛的腳邊，然後沖向前捅死一人，那麼皮爾·貝雷克就會解決另一人，然後皮爾·貝雷克還會順帶解決河提上巡邏的士兵。
在街上我們還可以看到激進分子，呈現出紅色，激進分子是偏激的愛國分子，衛兵會優先攻擊他們，而他們受僱於聖殿騎士團，因此也會跟積極的搜索刺客的踪跡。皮爾·貝雷克建議還是離這些激進分子遠一些比較好。接著沿著河提往東跑去，去到太子廣場外牆的拐角會遇到兩名敵人，這裡有個判定問題，如果屏幕中下方顯示盟友受到攻擊，那麼就需要留下來協助皮爾·貝雷克除掉敵人。如果不顯示，那麼就可以直接走過。
進入到街道內，如果要戰鬥，建議是使用煙霧彈快速殺死所有敵人。來到一個小廣場上，有一批偏激分子在找人，皮爾·貝雷克不建議亞諾去惹這夥人。因此跟著皮爾·貝雷克混進人堆中，然後爬上一家叫作vins et liqueur的酒吧，上到屋頂上。
甩開敵人之後跟著皮爾·貝雷克飛簷走壁，此時要跟隨皮爾·貝雷克前往劇場咖啡店，就是刺客總部，現在要與皮爾·貝雷克賽跑，理論上皮爾·貝雷克的奔跑速度遠不及亞諾，所以只要不是失誤跌落地面，絕對能跟上皮爾·貝雷克的。另外皮爾·貝雷克會帶著亞諾闖進兩間房屋，其實不進入室內，而是從屋頂上通過，速度會更快一些。
翻越障礙之後到達了紅橋，這上面的戰鬥都是可以避免的，當然也可以拿這些敵人來練練手。一路上亞諾一直在抱怨這一年內有無數殺死希維特的時機，為什麼遲遲不採取行動。而皮爾·貝雷克的答复則是這會導致太多不可控制的變數，不能操之過急，最終兩人去到紅橋底的劇場咖啡店入口。
返回到刺客總部，亞諾一直就在抱怨皮爾·貝雷克沒有抓住這一年苦等的機會，殺死希維特。皮爾·貝雷克認為目前殺死希維特，變數太多、時機不對，而且此事漏洞也太多。
隨後去到刺進總部的前往議會大廳與刺客四長老見面，這時亞諾發現這邊已經開始討論本次的行動了，皮爾·貝雷克向奧諾雷描述了這一次任務的成果跟近期的工作報告。
激進分子艾斌隆已經死亡，他經常勒索、囚禁海關人員，現在法國的海關運轉恢復正常。長老們的話題轉到了騎士團上，皮爾·貝雷克指責四長老如今才關注騎士團的事情，如果不是四長老在這一年期間對騎士團實行“停戰協議”。原來刺客組織跟騎士團之間還存在著停戰協議，這個停戰協議的確是2年前的騎士團團長法蘭斯瓦·德拉瑟爾與刺客組織之間協議的，然而法蘭斯瓦已經被希維特殺死，女長老也認為現在的騎士團團長不是什麼好人，既然亞諾已經出師，那麼四長老就派亞諾去殺死希維特。
而這時候亞諾走了進來，並且聲稱兄弟會已經找到了必須制裁希維特的理由。但是奧諾雷認為亞諾只是出於個人私仇才提出這項建議，他對此提出懷疑。
「如果他想殺聖殿騎士，就讓他動手，這小子已經準備好了」一旁的皮爾·貝雷克說。聽到皮爾·貝雷克的話，奧諾雷才肯點頭，並且正式給了亞諾新的任務：前往巴黎圣母院，找出聖殿騎士查理·加百列·希維特的下落，並且按照刺客的教條來處理他。會議的結束也代表亞諾圓滿的完成了本次任務，成為了一名合格的刺客。
序列三.記憶02.懺悔
1.不要驚動守衛
2.兩次利用躲藏地點暗殺敵人
正式得到了刺客兄弟會長老的許可之後，這次第一次有亞諾是親自掌控的暗殺行動，終於可以藉著大義順便進行自己的複仇了，目標自然就是殺死法蘭斯瓦的兇手希維特。四長老千叮萬囑要按照刺客的信條執行，而且要讓希維特得以安息。
先前往巴黎圣母院對出的建築物上與皮爾·貝雷克匯合。
一開始亞諾還在詢問皮爾·貝雷克接下來要怎麼執行任務，皮爾·貝雷克告訴他已不是刺客學徒，應該獨當一面，要亞諾自己來思考任務怎麼完成。他得開始學學觀察四周，自己想辦法，皮爾·貝雷克不會一輩子替他安排好一切。亞諾馬上凝神聚氣，發現了有兩個辦法可以闖進巴黎圣母院，一個是刺殺機會，守衛安排了一名激進分子負責安保工作、另一個則是潛入機會。
首先是激進分子，這個沒什麼難度，混在人群之中用袖劍直接殺死之後逃入人群變成匿名即可，少了一名守衛，就更容易伺機刺殺希維特了。殺死了這名守衛之後地圖上會出現一個懺悔擊殺的提示點，不過我們此時還沒有進入聖母院，就先不管了。
其次是潛入機會，需要我們從激進分子那邊偷走鑰匙，從匯合點按E鍵落到地面上混進人堆當中，此時會發現偷走了神父鑰匙的激進分子。
他們會走去東面丁字路口的綠色酒吧內，其中帶有鑰匙的激進分子會站在吧台前，其中一名激進分子會在酒吧內來回走動。只要混進人堆當中就可以躲過他的視線，然後去到酒吧的樓梯邊上，你會看到有情侶在擁吻，利用這對情侶作為掩護對著吧台前的激進分子，按E鍵進行盜取或者先刺殺掉後面的那一位，這樣就不會在偷竊時遇到麻，接著跑上酒吧二層，逃離走吧。
獲取到鑰匙之後就能夠進入巴黎圣母院了。接著返回巴黎圣母院的正門，然後爬上巴黎圣母院正面高處的露台。
進入巴黎圣母院有兩種的方式，其中一種是暴力突破，因為激進分子會和守衛打起來，所以我們可以利用他們，在正門處把守衛和門口的激進分子引在一起，他們就會開始戰鬥，這時候丟一個煙霧彈，就可以順利進入了。
另外一種是與那名因為沒有鑰匙開門被困在露台上的神父見面，與之對話後，他就會允許亞諾用剛才盜來的鑰匙打開天台的門進入聖母院內。
沿著樓梯落到有音樂室的樂師在演奏鋼琴的包廂內，這裡有一名守衛，當他往包廂下方望去時，從背後接近他按左鍵暗殺掉。
從鋼琴包廂的右側可以往下放長廊走去，兩側的走廊各有一名激進分子，在巴黎圣母院中層，分別四個角都有一條長廊，長廊上都會有一名巡邏的守衛，其中一條走廊上站著的是盟友，理論上只需要選擇殺一人即可。而「懺悔刺殺」的提示坐標在大門的左邊，所以還是往左邊的走廊通過，從背後解決掉這名巡邏的激進分子。
小編的亞諾就選擇殺死鋼琴包廂右下方的長廊的守衛，然後之後踩上繩索，會發現在演講人群的旁邊有一堆乾草垛，利用四條中層長廊中間的繩索走到西南面的草堆車上方，然後使用信仰之躍跳到草堆中，靜靜等待時機即可。
使用鷹眼視覺可以探知到附近激進分子和我們要刺殺的目標：希維特的位置，在我們潛入乾草垛中之後希維特就會帶著兩名隨從慢慢的靠近我們的位置。此時希維特雖然會經過我們所在的干草垛，但是離的位置比較遠，我們並沒有機會，不過他其中一個隨從似乎感覺到了我們正潛伏在乾草垛之中，在他準備檢查的時候，按左鍵發動刺殺，可以瞬間結束他的生命，並且將他的屍體拖入乾草垛中。若如此做，則可以完成一個躲藏地點刺殺的要求。
希維特會出現在北面的走廊下層，此時不宜在地面暗殺他，所以利用草堆旁邊的吊車再次回到上層的走廊上，選擇的是西面二層的走廊，這兒沒有守衛，反而是亞諾的一名盟友。走廊中間有一條繩索，爬到繩索上，繩索下方就是希維特經常會途徑的位置。從高處下落將希維特暗殺掉。
這次的任務其中一個同步條件就是不能被發現，其實這個不被發現是限制在暗殺希維特之前，所以暗殺希維特可多高調也無妨，只要之前不被發現即可。
也可以這樣做，這時候希維特的行動路線已經被固定了，他只會環繞著附近進行遊走並且抱怨他的交易對象為什麼遲遲未到，中間他還會在廁所蹲坑，在他進入廁所的時候，旁邊會有隨從守衛。而我們要做的就是趁他離開廁所的間隙解決掉附近的激進分子，然後隱藏在廁所的另外一個隔間中。等待希維特再次到來的時候，他會進入我們潛伏所在的隔間，在隔間中亞諾與希維特交談，令希維特誤以為亞諾是交易的對象，在對話中可以隨時按左鍵刺殺希維特。
刺殺希維特的瞬間亞諾讀取到了希維特的記憶，德拉瑟爾閣下與希維特一同去到平民窟與乞丐王帝見面，而出來迎接兩人的正是拉得歇，可是德拉瑟爾閣下認為當時的希維特不宜與乞丐王帝見面，所以就讓他在門外逗留，因此希維爾就留下對德拉瑟爾閣下的憎恨與殺意。希維特找到了乞丐皇帝，正巧乞丐皇帝也對法蘭斯瓦的輕視感到非常不滿，兩人一拍即合，希維特與他計劃一同迫害法蘭斯瓦。
這時的畫面會轉到艾莉絲宴會的廣場，希維特將德拉瑟爾閣下引到廣場上，正打算將其殺死，可是德拉瑟爾閣下知道希維特的意圖就用劍刺傷希維特的左眼，而處於暗角的乞丐王帝利用一件奇怪的暗器捅向了德拉瑟爾閣下的脖子。
這一切都結束之後就該脫離聖母院了。一樓存在著很多拉車，我們在跑向它的時候按住方向鍵就可以藉助拉車到達二樓。
接著去到大堂另一個草堆當中，此時會有士兵過來，看準機會就在草堆車內殺死其中一人，那麼就可以完成第二次躲藏點暗殺。
接著就可以按照原路返回到中層的長廊上再返回到鋼琴包廂，接著回到與神父見面的露台，然後從巴黎圣母院落到地面逃離現場。
這一切都結束之後就該脫離聖母院了。一樓存在著很多拉車，我們在跑向它的時候按住方向鍵就可以藉助拉車到達二樓。而我們身上的巴黎圣母院的鑰匙可以讓我們打開窗戶的門，從窗戶的門出去之後可以悄無聲息的離開巴黎圣母院。這也意味著我們這一次的任務圓滿的成功，達成了百分百同步所需的條件。
順利完成了希維特的刺殺任務之後，忽然間Abstergo意識到有人入侵，所以進行伺服器掃描，所以畫面當中的其他NPC都會消失，此時主教和迪克他們在與伺服器接橋，而“你”則以著亞諾的外觀去尋找傳送點。爬上附近的房頂，然後往西北面的房頂跑去，就會發現天空中出現奇怪的透明晶體，必須要爬上屋頂的擋牆上跳入到透明晶體的傳送門。
此時“你”已經處於模擬程序以外的空間，通過傳送門來到了19世紀晚期的巴黎，因為程序的原因出現的NPC都是半透明的，他們並不存在，也不會察覺到亞諾，是無法進行互動的。此時四周會出現紅色的屏障不斷收窄，“你”可以發現四面的屏障收縮的核心是餐廳附近的地鐵入口，必須趕在這些線條碰觸到亞諾之前進入地鐵的入口。
這邊並沒有地圖，需要我們自己尋找出口，穿過鐵軌然後爬上梯子上到上層，接著走上樓梯，然後躍過水管去到第二條鐵軌，此時要小心躲避兩側疾馳而過的地鐵。然後進入到右側有光亮的管道室。
攀爬過管道之後找到了管道式，爬上管道室的鐵網去到鐵軌的上層，然後利用繩索和木樑去到左側的中層入口。
接著走進地板水管用鐵絲網遮蓋住的走廊。結果亞諾不小心跌落到了鐵軌上，一輛地鐵正好迎面駛來，一路上按著shift加方向鍵奔跑，按E鍵躲躍過眼前的障礙物，最終“你”會利用右側的凹陷處躲過地鐵，然後利用一個滑輪機飛刀上方的地鐵出口。
出去之後能夠看見自由女神像，在女神像的火炬上出現了令到模擬程序不穩的能量漩渦，這個能量漩渦是傳送門，只要碰到這個漩渦，那麼不穩定因素就會消失，而“你”也可以脫離這個區域，所以我們需要到達這裡從能量漩渦離開，回到原來的世界。
到達自由女神腳下之後，爬上正面的吊臂，然後跳到女神像腳步的建築架上，這個過程若有刮大風可以大風，不必躲避。然後去到女神像的腰間，需要去到其背後，下落一段，然後利用木樑跳至其胸部位置，此時在後背的時候有一塊木板朝著亞諾飛來，亞諾手疾眼快抓住繩索飛上了女神的火炬上，通過了傳送門，亞諾成功的解開了裂縫，返回到巴黎圣母院前，一切都恢復了。
