2010年推出的《刺客信條：兄弟會》是《刺客信條2》的直接續作，延續了前作的故事線。故事仍然圍繞著埃齊奧·奧迪托雷展開，他已成為一位傳奇的刺客大師。 在這部作品中，他致力於重建羅馬的刺客兄弟會，並著手推翻暴虐的聖殿騎士波吉亞家族，將文藝復興時代真正的財富和奇蹟帶入這座城市。而《刺客教條：兄弟會》的續作則於2011年5月宣布，名為《刺客教條：啟示錄》，並於同年11月正式推出。 這部續作將繼續展開新的故事篇章，讓玩家繼續體驗刺客與聖殿騎士之間的永恆戰爭。
序列 1
前情提要完結後，玩家/Desmond進入Ezio的一段記憶(Sequence 9)，然而內容異常混亂。隨後，Ezio的記憶回溯至1499年12月的梵蒂岡，《刺客信條2》的尾聲，他在西斯廷教堂地窖遇見了「女神」Minerva。Minerva留下了一句謎語般的話「接下來靠你了…Desmond」後便消失無踪，滿心狐疑的Ezio踏出地窖，發現先前倒地的教宗亞歷山大六世／Rodrigo Borgia已逃之夭夭，他的權杖也自動封入地底。
就在這時，Ezio的叔叔Mario恰好趕到，當Ezio爬出地窖(按住Y鍵不放打開Eagle Vision可看到攀爬點)後，兩人一同離開梵蒂岡。抵達河畔後，Ezio陷入了是否該把依甸殘片之一的蘋果丟入河裡的猶豫，經過漫長的思考，Mario要求Ezio先將蘋果交給他，之後再處理。
兩人返回Monteriggioni莊園(二代的基地)，受到眾人的熱烈歡迎。Ezio的妹妹Claudia出來迎接，並詢問敵人的狀況，Ezio要她召集阿薩辛的成員在今晚會面。玩家在Monteriggioni莊園內跟隨地圖上代表任務的驚嘆號與導航點，完成了三個簡單的事件(拾取東西並跟隨NPC/騎馬/使用大砲)，並熟悉遊戲的流程後，便能回到別墅門口，與Caterina Sponosa 碰面並與阿薩辛同志會談。
然而，在會談中，眾人對於Ezio留了Rodrigo Borgia一命感到驚訝，馬基維利(Niccolo Machiavelli)認為Ezio此舉後患無窮，並因此而氣沖沖地離去。
回到臥室，Ezio與Caterina共度一夜春宵，然而當清晨醒來，卻發現莊園已遭突襲。Ezio急忙套上外衣，從砲擊留下的缺口一躍而出，發現整座城池遭到Borgia一族的猛烈攻擊。Mario叔叔率兵從正門迎敵，而Ezio則騎馬趕往城牆，操作大砲阻擋敵人的攻勢，同時爭取鎮民撤離的時間。
策馬奔至城牆，從倒塌樓梯處的牆垣缺口往上爬，這觸發了城牆耐久度的倒計時：玩家需要在倒計時結束、城牆全毀之前，盡快操作大砲摧毀敵方砲台(地圖上的紅點)，讓鎮民全部安全撤離(0／500)。操作大砲時，必須瞄準兩座砲台的中央射擊，這樣才能同時摧毀兩座砲台，爭取足夠的時間。摧毀一定數量的砲台後，Ezio需要操作另一座大砲，以盡快摧毀敵方砲台，完成這項任務。
接下來，敵方的攻城塔開始搭上城牆，Ezio只好趕去攔截進入城內的士兵。利用牆邊的台踢(按住RT鍵並朝其移動)能瞬間飛上樓頂，從樓上飛躍刺殺一名敵兵後，再用近戰打倒殘存的敵人。近身戰的操作方式和前作相同，X鍵砍殺、RT鍵格擋，當敵人頭上的體力表閃爍白光時表示他即將發動攻擊，這時抓準對方出招時間，按住RT鍵不放的同時按下X鍵便能格擋反擊，一招擊殺敵人。殺死一名敵人後，Ezio便能進入連殺狀態，在攻擊不中斷的狀態下只要攻擊命中就能立即擊殺敵人，多多練習對今後的戰鬥很有幫助。
成功擊退了城牆上的入侵者後，Ezio往下瞧見Mario叔叔無力地倒在地上，而Rodrigo Borgia之子Cesare Borgia與Lucrezia Borgia得意洋洋地尾隨在後，Cesare手中還拿著蘋果。 Cesare Borgia以Mario為人質，持槍作勢要殺害他；就在Ezio急切地奔上屋頂時，城牆上火槍齊發，將Ezio擊落於地。
城中的傭兵救起了重傷的Ezio，一群人趕忙朝別墅撤退。擊退沿途的敵人後，抵達別墅時，發現Claudia正遭到Borgia士兵的攻擊。解救了妹妹並掩護她朝別墅裡的密道前進(不離她太遠)，進入別墅後Ezio帶著母親與妹妹從莊園北側的密道離開。Ezio告知兩人Mario的死訊，請妹妹帶著母親前往翡冷翠(Firenze)避難，而他則獨自承受重傷，隻身前往羅馬；然而獨行至夜，Ezio卻因重傷難耐，最終昏迷落馬…
現場轉回至現在，阿薩辛小組正在逃避Abstergo Industries/聖殿武士的追捕，他們乘車來到了蒙特里喬尼莊園。在車上，Desmond的回憶之旅突然中斷，同時小組工程師Rebecca也無法追踪Ezio記憶中依甸殘片的所在。為了找到Minerva所提及的其他聖殿的位置，Lucy認為眾人必須找出Ezio記憶中的蘋果，才能找到其他伊甸殘片，拯救可能陷入危機的地球。Rebecca發現Ezio在西元1507年藏起了蘋果，但在讀取Ezio當時的記憶時，卻發生了記憶重疊的現象，導致無法存取。Shaun Hastings推測Ezio當時的心理困境對Desmond造成了反饋，因此必須等待Desmond提高自己與Ezio的同步率，才能順利進入該段記憶。
由於設備需要電力，因此Shaun帶著Desmond回到莊園，請他在配電箱上安裝電源迴路。按住Y鍵啟動Eagle Vision後，莊園內的配電箱與周邊電路會以明亮的白色顯示在畫面上，只要安裝好四個電源迴路器，就能讓臨時基地開始運作。
從此以後，玩家可以隨時登錄Animus訪問Ezio的記憶，回到15世紀末的羅馬繼續探險，也能隨時登出Animus回到現實世界，收發電子郵件或與基地內的成員交談。Desmond也可以暫時離開臨時基地走進蒙特里喬尼莊園，收集場景中隱藏的寶物。
登錄Animus時，Rebecca會向Desmond介紹Animus的一些新功能，包括考驗玩家操作技術的VR訓練，玩家可以在此進行移動、戰鬥、尋找物品等各種挑戰，持續進行VR訓練也可以解開更多額外的挑戰。此外，Desmond除了可以隨時登錄或登出Animus，還可以切換DNA訪問的Ezio記憶片段，並根據各段提示的同步條件反復進行任務，提高Desmond與Ezio的同步率。
Desmond啟動了Animus介面的DNA記憶，進入Ezio記憶的第二段…
序列 2
Ezio慢慢地睜開雙眼，看見一名女子正在幫他處理傷口；他立刻坐起身子，詢問自己所在之處。 女子告訴他有個男人將他留在這裡並留下口信，要Ezio前往Mausoleo di Augusto(奧古斯都陵墓)和Machiavelli會面；這個身份不明的男子還幫Ezio準備了替換的衣服與袖劍。
記憶 1：狀況良好...
100%同步條件：血量未低於一格(避免瀕死)換上新衣服後，Ezio向女子道謝，然後走出房間。 他下樓梯，在導航點找到醫生治療傷口，按住RB鍵不放開啟物品欄並使用醫療藥(medicine)。Ezio爬上附近教堂頂端，觀察周圍地形找出Mausoleo di Augusto的所在：地圖上的老鷹圖示代表觀察點，通常位於建築物的最高處；走到觀察點時，畫面右上角出現Y鍵的Synchronize(同步)提示，按下Y鍵解除地圖遮蔽，顯示附近所有地標、商家，如果玩家在商店購買地圖，寶箱與Borgia旗幟的位置也會顯示。
從觀察點跳下來，Ezio聽到附近守衛正要修理一名拒捕的市民。 尾隨他們到指定地點，再動手殺光他們，與絞刑台旁的悲傷男子對話。
記憶 2：成功執行
100%同步條件：以袖劍殺害目標男子的愛人慘遭絞刑示眾，兇手Il Carnefice還恐嚇男子不得將屍首解下絞繩，否則要連男子一起吊死。 Ezio要男子準備好的時候就把屍體放下，兇手就交給Ezio處理。 走上山坡，再爬到Il Carnefice所在的房子上方，就能在不被察覺的情況下接近Il Carnefice。 拉近距離，標定Il Carnefice且畫面右上出現X鍵的Assassinate(刺殺)提示時按下X鍵就能一擊殺害目標。 殺死目標後，再打倒周圍的敵人就能完成這段記憶。
記憶 3：新城主
100%同步條件：將Borgia隊長推向腳手架並殺害之前往地圖上的驚嘆號圖標，到Mausoleo di Augusto前與Machiavelli會面。 Ezio原本以為是Machiavelli派人救了他，但Machiavelli對Ezio的生還感到驚訝，因為莊園受襲的消息已經傳開，甚至以為Ezio已經死於攻擊之中。
救了Ezio一命的神秘人身分暫時被擱置一旁，Machiavelli表示Ezio的生還消息絕不能傳到Borgia一族的耳中。 在此之前，Ezio需要重新裝備自己。 Machiavelli給了Ezio一些金錢，讓他到鐵匠店購買匕首和護肩。 Ezio認為阿薩辛兄弟應該要站出來對抗整個Borgia家族和聖殿武士，但Machiavelli不僅挖苦Ezio上次承諾的話，還警告Borgia家族的勢力正在擴大：除了Rodrigo Borgia邪惡的女兒Lucrezia，他的兒子Cesare更是陰險毒辣、不擇手段，而且他們還得到了法國國王的支持。
跟隨Machiavelli在城市中漫步，現在整個羅馬都處於Borgia家族的掌控之下，他們佔據了城市的多個重要據點和塔樓，從而監視所有人的行動。 如果Ezio想要快速穿梭於羅馬的各個地區，必須先摧毀附近的Borgia塔樓，這樣才能在馬厩中合法使用馬匹。
前往地圖上代表Borgia塔樓的區域，紅底白十字的符號代表塔樓的隊長。 爬上屋頂接近隊長，先殺死他身邊的兩名守衛，然後抓住他(按B鍵)並扔到旁邊的腳手架上(再按B鍵)，這樣就能殺死他並完成100%同步的條件。 回到Machiavelli那裡，他說單純殺死守衛不足以讓市民支持他們，所以Ezio決定以燒毀塔樓的方式向外界宣告Borgia家族在這裡的勢力已經被消滅。
記憶 4：易來易去
100%同步條件：不受傷害燒毀塔樓後，跟隨Machiavelli到附近的馬厩，並花錢重建(在招牌處按下Y鍵)，然後可以騎馬在羅馬移動。 兩人一邊騎馬一邊討論局勢，Ezio認為單靠暗殺Rodrigo Borgia是不夠的，必須徹底消滅Borgia家族的勢力。 Machiavelli懷疑Ezio是否要倚靠人民的力量，他認為這樣做就像築樓在沙灘上，不會有穩固的效果。
當Ezio回答時，一個小賊偷走了他的錢包。 Machiavelli笑著讓Ezio趕快把錢搶回來，因為他要去Capitoline Hill找一個聯絡人。 追上小偷，當奔跑時(按住RT鍵不放)按下B鍵就能撲倒他並奪回錢包，完成這一段記憶。
記憶 5：誰有郵件？
100%同步條件：一分鐘內抓住Borgia信使摧毀Borgia塔樓後，Ezio可以購買／重建原本Borgia塔樓控制的商家和建築物，並在這些商家購買物品。 每購買一家商店，Ezio就能獲得特定金額的收入，這些收入每20分鐘統計一次並自動存入銀行，玩家可以到銀行提取。 銀行有存款上限，如果收入超過上限就不會計算，因此玩家需要定期去銀行領錢，以免錢白白浪費。
跟隨地圖上的驚嘆號與Machiavelli會合，Machiavelli的聯絡人Vinicio應該已經取得情報，但遲遲未露面，於是兩人騎馬前去與他會合。 騎馬經過提托凱旋門(Arco di Tito)，看到數名守衛正要對Vinicio下手，Ezio與Machiavelli殺掉守衛、救出Vinicio，他說情報信仍在附近的信使身上，Ezio趕緊追上去，以相同方式撲倒信使，拿下信件。
記憶 6：Crepi Il Lupo
100%同步條件：無傷通關帶著信件來到預定的會合處，Ezio沒有遇到Machiavelli，卻遭遇了一群身披狼皮的怪人突然襲擊。 打敗他們後，在附近可以找到他們使用的秘密入口。
記憶 7：尼羅大廳
100%同步條件：8分內完成記憶這群身披狼皮的人是羅穆魯斯的信徒(Followers of Romulus)，在這裡玩家可以找到一份羅穆魯斯的卷軸，之後可開始一連串的羅穆魯斯信徒的支線任務。
Memory 8：The Roman Underground
走出羅穆魯斯信徒的藏匿之處，Ezio恰好遇見了Machiavelli。這些異教徒最近開始破壞秩序，把市民推向教堂的懷抱，Machiavelli懷疑Borgia一族在背後支持他們。Ezio把信交給Machiavelli，並詢問了阿薩辛在羅馬的支持者。Machiavelli帶領Ezio來到一個隧道的入口，玩家之後可以花錢修復（在隧道入口的招牌前按下Y鍵）散佈在羅馬各處的這些入口，並利用它們迅速前往羅馬的各個角落。跟隨Machiavelli進入隧道，來到一座華麗的建築（實際上是倉庫），這裡是Fabio Orsini（前作曾出場的傭兵頭子Bartolomeo D’Alviano的親戚）的房子，他借給Ezio與Machiavelli作為反抗Borgia勢力的基地。擁有了基地，Machiavelli建議正面進攻Borgia的部隊；但Ezio提醒他現在缺少蘋果，Caterina Sforza被捕，我們對Borgia勢力的情況也一無所知。同時，Machiavelli也指出阿薩辛在羅馬本地的地下勢力也受到阻礙，傭兵團與Borgia的法軍盟友陷入激戰，妓院的情報支援不足，盜賊公會更拒絕與他們合作。因此，Ezio決定親自行動，與傭兵團、妓院和盜賊公會的領袖聯絡，爭取他們的支持。
序列 3
DNA段落被分為三個記憶片段，Ezio必須分別與羅馬的佣兵、妓女和盜賊領袖接觸，並獲得他們的支持。玩家可以自由選擇首先接觸哪個陣營。完成各陣營的記憶後，可雇用該陣營協助作戰（佣兵）或引誘敵人（妓女和盜賊），並達成各陣營告示牌上的要求以獲得獎勵。
在這個故事階段，玩家可以開始消滅Borgia塔樓並購置商店和房產，以累積資金為Ezio購買各種新的裝備。解除Borgia塔樓的勢力範圍也有助於減少任務進行時可能的阻礙。
記憶 1：Double Agent
100%同步條件：降低惡名值時不被發現，保持匿名狀態回到盜賊公會與La Volpe會合Ezio與盜賊公會的頭目La Volpe重逢，尋求他的幫助。然而La Volpe懷疑Machiavelli與Borgia一族勾結而不願協助Ezio。Ezio為Machiavelli的清白辯護，La Volpe的部下帶來情報，指出Machiavelli正在Trastevere與人會面。到達指定地點後，Ezio看到Borgia守衛偷偷遞了封信給Machiavelli，接著一群盜賊朝他們發動攻擊，其中一個盜賊受了傷，需要協助。玩家操作Ezio幫助盜賊並以匿名狀態回到盜賊公會，解除惡名值，最後La Volpe同意協助Ezio。
記憶 2：Between a Rock and a Hard Place
100%同步條件：僅殺害Borgia隊長一人來到佣兵軍營，Ezio與老友Bartolomeo D’Alviano重逢。得知Bartolomeo正受到圍攻，Ezio前往暗殺附近Borgia塔樓的隊長。無視其他人直接朝他跑去，立即刺殺他。擊退Borgia後，Ezio建議Bartolomeo注意Cesare與Rodrigo的動態，並擴建軍營。
記憶 3：High-Stakes Negotiation
100%同步條件：不下水游泳Ezio到妓院Rosa in Fiore拜訪Solari女士，卻得知她被奴隸販子給抓走了。Ezio自願協助，湊出贖金並找到奴隸販子。交了贖金後對方卻想殺害Ezio。把奴隸販子全部殺光、搶回贖金後回到妓院，Ezio驚訝地發現媽媽與妹妹也在這裡。最後，Ezio答應了妹妹的請求，並與建築師交談重建妓院。
記憶 4：Collective Intelligence
成功聯繫上三個陣營後，Ezio與Machiavelli、La Volpe、Bartolomeo和Claudia一同會面，確認了目前的情報。Machiavelli建議往Castello行動，暗殺Cesare與Rodrigo，眾人同意他的看法。完成對話後，與建築師交談即可完成這段記憶和整個DNA段落。序列 4
記憶 1: Castello Crasher
100% 同步條件：完成記憶時保持匿蹤Ezio和Machiavelli來到Castello的門前，恰巧目睹Lucrezia Borgia將Caterina Sforza押送進Castel Sant’Angelo的大牢。Machiavelli提醒Ezio，他來這裡是為了對付Cesare和Rodrigo Borgia；Ezio答道，Caterina是一位強大的盟友，今日救她一命，他日必有所償。然而，Machiavelli仍堅持以Cesare和Rodrigo為優先目標。
接下來的記憶同步目標是全程匿蹤，建議玩家先到武器商店買好十字弓，利用十字弓無聲殺害遠處的敵人可以省去不少麻煩。
從橋下的木樁悄悄接近城牆邊，暗殺掉噴水池旁巡邏的守衛，然後順著導航點移動。攀梯上樓，爬上城牆，將旁邊的守衛推下樓後繼續前進。在城牆邊的屋頂上，建議暗殺/使用十字弓射殺在屋頂上巡邏的守衛，會讓過程輕鬆一些。沿著繩索移動至中央的圓形主堡，並往上爬至導航點的位置。Ezio從窗口看到Cesare和Lucrezia這對亂倫兄妹正在調情。當他們談到教宗（Rodrigo Borgia）和Cesare手下銀行家所需的金援時，Lucrezia提到教宗已離開城市，這表示Ezio的暗殺目標減少了一個。
繼續移動，Ezio從高處看到Cesare迅速離開城堡，現在兩個暗殺目標都不在場，Machiavelli感到失望。往上爬到Caterina的牢房外，Ezio從鐵窗看到Lucrezia憤怒地對Caterina大吼，並賞了她一棍之後把牢房鑰匙收走了。爬上屋頂順便清除巡邏的警衛，Ezio從堡頂的中庭進入城堡內部，跟著導航點移動（提防守衛）就能抵達Caterina的牢房。
記憶 2: Femme Fatale
100% 同步條件：總血量損失不超過十格Ezio打算解救Caterina，但牢房的鑰匙在Lucrezia手上，Ezio只好親自找她。沿著導航點前進至中庭，玩家會聽到Lucrezia正在與一個名叫Pietro的男子談情說愛，但這家伙只是Lucrezia拿來引Cesare忌妒的工具。等Pietro離開後，Ezio大膽地與Lucrezia對質，表示只要她釋放Caterina，就不會對她不利。Lucrezia當然不會乖乖就範，她叫來了守衛攻擊Ezio，把守衛全部擊敗後，玩家可以接近Lucrezia按B鍵，押著她朝牢房移動。往牢房移動的路上Lucrezia會試圖逃跑，並且會有多波守衛前來，這時玩家得放下Lucrezia（同樣按B鍵）才能與守衛交戰；戰鬥時Lucrezia會開始逃跑，玩家如果離她太遠，記憶就會失敗，千萬要注意。將Lucrezia送到牢房並成功解救Caterina，就能完成這段記憶。
記憶 3: The Burden We Carry
100% 同步條件：完成記憶時保持匿蹤由於Caterina先前被Lucrezia擊傷，行動不便，所以Ezio只好抱著她一路逃走。逃跑途中會有守衛出現，想完成100%同步條件的玩家最好不時將Caterina放下，先擊敗敵人再帶著Caterina移動。抵達一樓大門時，Ezio必須啟動兩側的機關才能打開門，啟動機關時要小心旁邊的守衛，放下Caterina時也要注意距離，離她太遠的話記憶會自動中斷。
記憶 4: Guardian of Forli
100% 同步條件：達成五連殺開門後，Ezio與Caterina騎馬逃出Castel Sant’Angelo，越過正門的橋樑後，Ezio留下來阻止後續追兵，讓Caterina有足夠的時間逃離。接下來，玩家必須在指定區域（迷你地圖的藍色區塊）中擊退源源不斷的士兵攻勢並存活90秒；在這90秒內，如果達成五連殺（一擊殺）以上，就能完成本記憶的同步條件。90秒後，Castel Sant’Angelo發生爆炸，大批士兵撤退，此時Ezio只需成功擺脫剩餘的追兵，就能完成這段記憶。
序列 5
第五段的主線任務相對較少，因此玩家可以利用這段時間來培養刺客部下，或者參與達文西的破壞兵器任務（地圖上標示為L字圖示）。這些破壞兵器任務包括摧毀戰車、轟炸機、攻擊艦等等，每個任務都有對應的成就。當完成所有任務時，達文西會送給Ezio降落傘的設計圖。玩家取得設計圖後，應前往裁縫店購買降落傘。之後，當Ezio從高處跳下時，按住X鍵便可張開降落傘。
《刺客教條：兄弟會》中的第五個DNA段落包含以下記憶：
記憶 1: Escape from Debt
100%同步條件：護送參議員時不被發現Ezio找到妹妹Claudia詢問先前會議中提及的參議員的所在地，Claudia告訴他在Campidoglio，並表達了對Ezio不耐煩的情緒。Ezio同樣對她的脾氣感到不悅，表示他打算在殺死銀行家後搬走所有的錢，並提醒妹妹小心。
在Campidoglio，玩家可以找到參議員Egidio Troche在南側的噴水池附近。銀行家的手下正在向他施壓，並對他進行暴力威脅。在殺掉銀行家的手下後，Troche向Ezio道謝，並解釋了自己的處境。Ezio表明了他的目的，並願意幫助Troche解決債務問題。兩人決定離開此地，找個安全的地方進行討論。護送Troche時，玩家需要保持Ezio的匿名狀態，可以利用妓女作掩護來達成這一目標。
記憶 2: Follow the Money
100%同步條件：追蹤參議員時不被發現且不落地(在屋頂上移動)Ezio需要爬上屋頂，跟蹤Troche和他的護衛，找出銀行家的所在地。玩家需要在屋頂上移動，並避免被發現，以達成100%的同步條件。在Pantheon附近，Ezio應該能找到Troche，然後利用一些技巧跟蹤他，直到找到銀行家的位置。
記憶 3: When in Rome
100%同步條件：三分鐘內抵達目的地在這段記憶中，Ezio需要在三分鐘內抵達目的地，途中要避開守衛的注意力，並且跟蹤目標的方向，以確保能及時抵達。
記憶 4: In and Out
100%同步條件：坐在長椅上匿蹤殺害銀行家Ezio需要坐在長椅上匿蹤，等待時機暗殺銀行家。玩家需要利用周圍的環境和掩護，以確保完成任務並達成100%的同步條件。
記憶 5: Paper Trail
在這段記憶中，Ezio回到Rosa in Fiore找Claudia，發現一些情況並與家人進行互動。在這個時候，玩家可以了解更多故事背景和角色關係。這些任務將為玩家提供豐富的遊戲體驗和挑戰，同時也將推動遊戲的故事情節向前發展。
序列 6
根據之前的會議結論，Ezio成功暗殺了銀行家，切斷了Borgia家族的資金來源，接下來的任務是協助Bartolomeo擊退法軍。
記憶 1: Gate Keeper
100%同步條件：無傷完成記憶戰鬥結束後，法軍領袖Baron de Valois來到門前叫陣挑釁，他綁架了Bartolomeo的妻子Pantasilea，要他黎明前解除軍營的武裝，乖乖投降。 憤怒的Bartolomeo上馬直衝法軍兵營，Ezio緊跟在後。 Bartolomeo氣急敗壞地對著大門叫囂一陣之後，不知該如何是好的他沮喪得想束手就擒；這時Ezio靈機一動，認為這個計劃可行，他讓心急如焚的Bartolomeo整隊回營，待回到軍營後再詳細解釋細節。
記憶 2: French Kiss
100%同步條件：全程匿蹤不被發現Ezio的計劃是讓Bartolomeo假裝投降，並讓他的部下換上法軍軍服，假裝護送Bartolomeo的模樣，待一行人潛入法軍兵營後再大開殺戒，救出Pantasilea。 在這裡，Ezio需要消滅20個法軍士兵，讓Bartolomeo的部下收集軍服並開始偽裝：玩家可以親自上陣斬殺敵人，或者僱傭傭兵（一開始的兵營裡就可以找到），或者命令部下攻擊敵人 ，只要消滅的法軍人數達到20人即可。 如果玩家站在遠處命令傭兵/部下攻擊法軍、並保持Ezio的隱蔽狀態，就能輕鬆達成100%同步的條件。
記憶 3: Trojan Kiss
100%同步條件：不損失血格完成記憶隨後，除了Bartolomeo外，所有人都換上軍服，假裝是押解Bartolomeo投降的部隊，朝法軍兵營前進。 在部隊的行進路線上，Baron de Valois安排了數批由三人組成的守衛小隊，他們會識破Bartolomeo一行人的偽裝，因此Ezio必須在部隊被發現之前先解決這些守衛。 在這段經文中，一旦Ezio的行蹤暴露，記憶就會中斷，因此請務必小心謹慎。
成功潛入兵營後，Baron de Valois帶著Pantasilea前來接受Bartolomeo的投降。 Bartolomeo再度挑釁Baron de Valois，就在Baron de Valois氣憤準備一槍斃命Pantasilea時，Ezio下令攻擊，現場陷入一片混亂，Baron de Valois押著Pantasilea逃進兵營。
部隊陷入交戰狀態後，殺死遊戲標示的三名敵兵（想達成100%同步條件的玩家可以消耗三格紅色標記呼叫弓箭雨，直接殺掉他們避免戰鬥），然後即可完成這段回憶。
記憶 4: Au Revoir
100%同步條件：五分鐘內完成任務Bartolomeo請求Ezio解救Pantasilea。 一旦記憶開始，迅速地向地圖上標記的綠色區域移動。 消滅四名守衛並打開大門後，可以看到Baron de Valois正帶著Pantasilea逃跑。 在接下來的區域中，如果守衛發現Ezio的蹤跡，Baron de Valois將立即殺害Pantasilea，請務必保持隱蔽。
進入門後立即向左轉，朝西側的低矮建築物移動。 攀爬上去，暗殺掉屋頂上巡邏的守衛，然後沿著牆往北走，暗殺掉轉角處的另一名守衛。 接著，沿著牆往東攀爬上主建築的屋頂，從高處刺殺Baron de Valois，救出Pantasilea。 這時，Bartolomeo也趕到現場，夫妻感動地相聚。 Ezio將救援計畫的成功歸功於Bartolomeo（儘管他始終搞不清楚整個計畫的內容）。 至此，Sequence 6結束，Ezio的計畫即將進入下一個階段。
序列 7
Ezio前往飯店與La Volpe會面，準備從Lucrezia Borgia的情人/玩物Pietro手中奪取Castel Sant’Angelo側門入口的通行鑰匙。
記憶 1：Patching the Leak
La Volpe已經派出部下搜索Pietro的行踪，但他仍然感到非常不安：先前有人警告Rodrigo離開Castel Sant’Angelo（Sequence 4），雖然沒有證據，但他懷疑是Machiavelli通風報信的。
這時La Volpe的部下衝了進來，緊急通報說Borgia發現了我方間諜的位置；而稍早之前，Machiavelli才詢問過他們搜尋Pietro的行動內容。 緊急步出盜賊公會，大批的Borgia守衛從四面八方湧來。 將數波攻勢全部殺退後，上馬跟著La Volpe前去救援我方的間諜。 La Volpe認為從Monteriggioni莊園遭襲，到Rodrigo與Cesare雙雙離開Castel Sant’Angelo，再到今天的事件，一切都是Machiavelli在幕後搞鬼。 到了現場，我方間諜正遭到攻擊，助他一臂之力後，他會告訴Ezio與La Volpe說Cesare派出殺手（羅馬最厲害的殺手Micheletto），打算今晚就要殺掉Pietro。
Ezio與La Volpe兩人繼續前往下一個間諜的所在，從守衛手下救出他之後，他說Pietro是個演員，今晚要演出一齣戲；再往下個遇襲的間諜處前進，找到他們後把 守衛殺光，間諜會告訴La Volpe今晚Pietro會吊在十字架上，Micheletto將拿長槍刺殺他。
記憶 2：Calling All Stand-Ins
和盜賊公會的間諜交談，他不知道Pietro的所在，但他知道Micheletto正在Terme di Traiano東邊的城門等待。 他打算讓部下偽裝成演員，讓暗殺行動看起來像場意外。
在Ezio出發攔截Micheletto的時候，La Volpe憂心地警告Ezio說雖然他們都不願意承認Machiavelli就是叛徒，但事實已經再清楚不過；如果Ezio不做出行動，La Volpe會自己動手。 Ezio到了城門旁，赫然發現Cesare與Micheletto押著Francesco Troche。 Cesare發現Francesco Troche把情報洩漏給弟弟Egidio（Sequence 5的保護對象），讓Micheletto在門口把Francesco活活勒斃。 殺死Francesco後，Cesare要屬下把偽裝用的衣服交給Micheletto，並要他雙重確保這行動的成功。
一路尾隨Micheletto，他會前往三個地方將服裝交給部下，潛伏至高處用Eagle Vision辨別目標（按住Y鍵不放）後，在匿蹤狀態下按LB鍵讓部下暗殺所有的目標就能 達成100％同步的條件。 接近Micheletto與部下會面的地方時如果不慎被守衛發現也別慌張，戰鬥時只要不被Micheletto與他的部下看見，就不會影響記憶進行以及100％同步的判定。
跟著Micheletto來到競技場，此時Pietro已經登台演出耶穌釘上十字架的戲碼。 Micheletto會穿著黑衣，等待劇中Pilate提示百夫長行動時一舉出手。
記憶 3：Exit Stage Right
從競技場外側悄悄攀上圍牆，這時Pietro已經扮成耶穌、被綁在十字架上，Micheletto扮成的百夫長正等著用真槍「試探」耶穌的死活。 在時限內將圍牆週邊標記的槍手一一暗殺掉（形跡敗露會立即中斷記憶）後與地面上等候、完成變裝的刺客同伴會合後，Ezio自己也扮成羅馬士兵的模樣，一群人步上 舞台。 接下來，Ezio要在不打亂戲劇演出的狀況下接近Pietro，Ezio要在時限內走到舞台上的指定地點（啟動Eagle Vision後的發光區域），走完三個點後用Eagle Vision可看 到Micheletto準備出手，趕緊上前先下手為強把Micheletto殺掉，否則他會一槍刺死Pietro。
然而，在刺殺Micheletto的同時，Micheletto向Ezio坦白，他為了「雙重確保」這起行動的成功，先前就在Pietro喝的酒裡下了毒。
記憶 4：Intervention
Ezio一行人把Pietro解下十字架後，Ezio扛起Pietro找附近的醫生解毒，並要部下掩護他們逃離競技場。 這時劇場裡一片混亂，驚慌失措的觀眾四散奔逃，還有大批守衛湧來，好在有一群突然出現的傭兵前來協助Ezio。 趕緊把Pietro交給競技場外的醫生，他一看到Pietro的氣色就知道中了Cantarella（傳說中Borgia一族的家傳秘毒），服下解藥舒緩他的症狀。 Ezio一看Pietro能開口說話，立刻向他索討Castel Sant’Angelo的鑰匙，Pietro本來還想裝傻，但一聽到Cesare與Lucrezia就乖乖把鑰匙拿出來了。 這時Ezio一個轉身，剛好看到一個帶著眼罩的男子──這個人在Monteriggioni莊園遇襲時自稱要和士兵會合而未與Ezio一起逃離──Ezio認出了這個人並想叫住他， 但他拔腿就跑。 Ezio追上他（RT鍵＋B鍵）後從他手上搶下一份文件，赫然發現他才是Borgia的間諜，而不是Machiavelli。
間諜一看身分敗露就立刻自盡，Ezio這時也連忙往Machiavelli的方向奔去，阻止La Volpe誤殺戰友。 援救Machiavelli時建議走屋頂路線，用房屋間的纜索渡河就不必游泳，以達成100％同步條件。
Ezio趕在La Volpe動刀之前阻止了他，並告訴他間諜其實是他們的自己人，並出示了Borgia文件作為證據。 這時差點沒了小命的Machiavelli剛好走過來，La Volpe向Ezio道謝後，便拉著長久以來一直被誤會的Machiavelli敘舊去了。
記憶 5：Ascension
回到Tiber Island的據點，Ezio請La Volpe召集阿薩辛成員並找來Claudia。 歷經許久的不合與疏離，Ezio終於接納了Claudia，並讓她加入父親、叔叔與自己的行列，成為阿薩辛的一員。 同時，Machiavelli當眾表示雖然自己與Ezio的意見多所歧異，但阿薩辛兄弟會正需要Ezio這樣的人，並推舉Ezio成為阿薩辛的領袖。 在屋頂，Ezio問Machiavelli為何有如此大的轉變；Machiavelli說其實他一直都支持Ezio，是他把昏迷的Ezio帶來羅馬、是他在Ezio與Caterina Sforza離開Castel Sant’Angelo的時候引起爆炸、派 傭兵到競技場協助Ezio逃走的也是他，但Ezio不知道而已。 這時屬下捎來Cesare隻身回到羅馬的消息，Ezio詢問Machiavelli的意見，並請這位他最信任的顧問務必有話直說。 Machiavelli給的答案則是：殺光他們吧。 完成你一手開始的事。
Ezio離開前，Machiavelli說了句話：“我打算找個時間寫本關於你的書。”
序列 8
Cesare回到Castel Sant’Angelo，即將展開最終對決。
記憶 1：Requiem
擁有進入Castel Sant’Angelo的鑰匙後，Ezio再度獨自潛入城堡。當他從圍牆潛入時，Cesare恰好騎馬進城，急著與教宗Rodrigo Borgia見面。隨著導航點繞著城牆移動，Ezio無聲地用十字弓解決掉屋頂上的巡邏敵人，必要時可以呼叫部下用箭雨殺掉地面的巡邏隊。
從側門進入主城內部，Ezio聽到Lucrezia預訂的一批Cantarella毒藥被教宗拿走了，不知用途為何；同時，教宗也將與Cesare會面。他環繞著牆壁一路往上爬，刺殺著頂端背對缺口的守衛時要注意樓梯下方的另一名巡邏，以免打破100％同步的條件。
爬上樓後，他利用書架往上爬，再爬出窗外沿著外牆潛行。Ezio來到教宗居室的窗外，看見Cesare與Rodrigo正在交談，桌上放著一盤鮮紅欲滴的蘋果。「發生什麼事了？」Cesare氣急敗壞地質問父親。
「你在說什麼？」Rodrigo故作狐疑狀。
「我的資金，我的部隊，全部沒了。」
「財務困難打擊了我們所有人，就算是帶兵的領袖也一樣。」Rodrigo輕描淡寫地帶過。
「你會給我錢嗎？」Cesare帶著畏縮的語氣質疑。
「不，我不會。」
Cesare聽到答案後表情一變，他隨手抓起桌上的一枚蘋果：
「那我會利用伊甸園殘片來得到我想要的東西。我不需要你的幫助。」語畢，Cesare咬了一口蘋果，發出清脆的聲音。
「你這點表現再清楚不過了。」Rodrigo冷冷地說。「你知道Baron de Valois是怎麼死的嗎？」
「不知道。難道是你──」
「我有什麼理由殺他？」Rodrigo狠狠回答。「難道他跟我一樣『精明』卻背叛我，跟叛變的提督密謀？是阿薩辛殺了他。」
「為什麼不阻止他們？」Cesare幾乎歇斯底里。
「好像我有辦法一樣。決定攻打Monteriggioni的人不是我，是你！你也該為自己的行為負責。」
「那是我的功勞。即使有你這樣的失敗者在那干擾。」Cesare向父親咆哮，並朝門口走去。
Rodrigo擋住Cesare的去路。「你哪裡也不能去。伊甸殘片在我手上。」
「給我讓開，老傢伙。」
「我給了你一切，但你仍貪得無厭！」Rodrigo低聲說。
這時，Lucrezia突然出現，對Cesare叫著：「Cesare！他想下毒害你！」
Cesare驚訝地看著Rodrigo，把剛才吞下的蘋果咳了出來。他的錯愕之情轉變成了憤怒。
「你不明白，父親？我掌控一切。我想活，我就活；我想奪取，我就奪取。」Cesare提高了聲音。「我想要你死，你就死！」Cesare把手中咬了一口的毒蘋果強塞進Rodrigo的嘴裡，把他壓倒在地上。
「伊甸殘片在哪裡？」Cesare跨坐在Rodrigo身上，強迫地把蘋果往Rodrigo的口中塞。
Lucrezia尖叫著：「住手！我知道它在哪裡。」
Cesare突然站起來，抓住Lucrezia的脖子：”而你竟然沒告訴我，他已經拿走了？”
「Cesare…我是你…的皇后。」Lucrezia被掐得喘不過氣，只能夠求饒。
「你只是我的妹妹，不會再多了。」Cesare冷漠地說。「蘋果在哪裡？」
「你…從來沒愛過我？」Lucrezia淚水盈眶。
「蘋果在哪裡？」Cesare幾乎瘋狂地要求。「快告訴我！」Lucrezia向Cesare吐了一口唾沫，Cesare立即還了她一巴掌。
記憶 2：An Apple A Day
Cesare逼問Lucrezia蘋果的所在，她嚎啕大哭。 Ezio爬上樓頂從對面的窗口進入教宗的房時，Rodrigo已氣絕身亡。 站在一旁的Lucrezia告訴Ezio說Cesare往Basilica Papale di San Pietro（聖彼得大教堂）中庭的亭閣去了，Ezio道謝後急衝下樓，追趕搶先一步離開的Cesare，途中兩人還一度擦身 。 跟著導航點走上屋頂後遊戲會開始倒數，玩家得在四分鐘內趕到Basilica Papale di San Pietro；玩家直接往地圖上的綠色指標移動即可，不必追Cesare。 一路上無視敵人直往前衝，就能達成100％同步條件。
記憶 3：The Apple of Eden
在聖彼得大教堂開啟Eagle Vision，就能找到機關，搶先取得蘋果。 遲了一步的Cesare本要上前與Ezio一決生死，但方才吞下的蘋果毒性發作，痛苦不堪的他命令守衛攻擊Ezio，不料Ezio利用蘋果的力量讓守衛自相殘殺；Cesare見此立即撤退 ，並高喊守衛前來支援。 這段記憶的目標是安全逃離梵蒂岡，敵兵會不斷出現，所以沒有戰鬥的必要，專心逃離現場就好；逃出梵蒂岡的範圍後甩開敵人一段時間解除追緝，就能完成記憶。 這裡Ezio只能使用蘋果進行戰鬥，蘋果可以影響範圍內敵人的心智，按住X鍵不放可以集氣強化效果，第一階段可剝奪敵人的戰意，第二階段能令敵人自相殘殺， 集滿到第三階段除了範圍最大，還可讓敵人自裁。 使用蘋果時會消耗Ezio的體力，集氣越久消耗的體力越多，集滿三階段會讓Ezio放盡氣力、暫時跪倒在地。 不過使用蘋果耗損的血量經過一段時間會自動回复，只要這段時間別受攻擊即可。
由於使用蘋果會損血，所以想達成100％同步條件的玩家在這段記憶中完全不能攻擊、只能逃命，同時也不能被敵人打到。
序列 9
Ezio與Leonardo坐在TiberIsland的阿薩辛基地裡。
「他說那句話的語氣。『鎖鍊是困不了我的。』」Ezio說。
「如果你那麼擔心的話，有個辦法可以弄清楚。」Leonardo把蘋果遞給Ezio。
「不，它太強大了。它得藏在人類無法觸及的所在。」
「真可惜，把這樣的傑作藏在沒人看得見的地方。」Leonardo遺憾地說。
「然而…假如他說這句話的時候是認真的？」Ezio猶疑著。 「我不能冒這個險。」
Ezio伸手握住蘋果，它發出了耀眼的光芒。
「Cesare是對的。我得走了。」
「你的朋友怎麼辦？」
「我創立兄弟會的目標是不管我在不在，它都能延續下去。」
「你打算怎麼做？」
「種下一個種子。」
Ezio走向旁邊的一個箱子。
「哪，給你的。」Ezio說。
「如果這代表告別的話，把你的錢留著，我不想要。」Leonardo表情嚴肅。
「我們會再見的，我保證。祝好運，我最長久的朋友。」Ezio伸出手，給了Leonardo一個擁抱。
「還有，把錢留著。憑你那點寒酸薪水，會需要這筆錢的。」
「…反正我的贊助人全被抓起來了。」Leonardo打開了箱子。
[symple_heading style=”” title=”記憶 1：PaxRomana100％同步條件：血量不低於五格
公元1507年三月，Viana圍城戰。 CesareBorgia正率軍包圍Lerin伯爵的叛軍。
「你怎麼找到我的？」
「你從MarioAuditore手中偷來的蘋果把我引來這兒的。」
Ezio的袖劍從Cesare的護頸擦過。
「殺了他！殺了這阿薩辛！把這渾球碎屍萬段！」
Ezio打算了結CesareBorgia與一切。
Ezio一路砍殺，穿越Lerin伯爵與Cesare的人馬，在城牆上找到了CesareBorgia。
「Cesare！城牆重重包圍，你無處可逃了。」Ezio說。
「那就來吧，Ezio！」Cesare大膽地說。
Cesare穿的盔甲緊緊保護著他身上的弱點，玩家要持續攻擊Cesare，觸發連打X鍵除去護甲的過場數次，才能成功擊倒他。 每卸去一件盔甲就會出現額外的敵人，建議先打倒他們再專心對付Cesare。
Ezio飛向Cesare，左腕的袖劍直直朝Cesare的頸部劃去。
「王座是我的！」Cesare大叫。
「渴望一樣東西，並不代表你有權擁有它。」Ezio平靜地說著。
「你懂什麼？」
「真正的領袖將權力賦予祂的子民。」
「我會帶領人類進入一個新世界！」
「願無人憶起你的名字。安息吧。」「你殺不了我的。沒有凡人殺得了我！」
「那麼，我把你交予命運之手。」
Ezio抓起Cesare，將他從城牆拋下。
畫面崩解支離，化為光芒。
「王座是我的！」「你懂什麼？」
「我會帶領人類進入一個新世界！」
「你殺不了我的。沒有凡人殺得了我！」
金色的記憶漂浮於空中，凝縮至Ezio手中的蘋果。 Ezio把蘋果放在平台上，步出走廊。
現代的Desmond從Animus上甦醒
蘋果就在羅馬競技場底下，一行人連忙出發，期待蘋果蘊含的知識能為他們解答一切。 然而誰也沒料到，長久以來探索的終點竟是更大的謎團。
